AnalChem使用MaxLynx

大家好，本周为大家分享一篇发表在Anal.Chem.上的文章，AccurateandAutomatedHigh-CoverageIdentificationofChemicallyCross-LinkedPeptideswithMaxLynx，该文章的通讯作者是德国马普所的Ju?rgenCox教授。交联质谱(XL-MS)能够提供有关蛋白质三维(3D)结构及蛋白质间相互作用(PPIs)的丰富信息。本文介绍了MaxLynx，一种集成到MaxQuant环境中的，用于XL-MS的计算蛋白质组学工作流程，它同时适用于质谱不可断裂和质谱可断裂的交联剂。此前，已经推广了Andromeda肽段数据库搜索引擎[1]，以有效地进行蛋白质组学鉴定。在此基础上，对于不可断裂的交联肽，本文应用了一种新的双肽Andromeda评分，这是计算效率高的N平方搜索引擎的基础；对于质谱可断裂的交联剂，MaxLynx将标志峰得分与碎裂产物上的传统Andromeda得分相结合。此外，文章通过优化MaxQuant3D峰值检测，以更加准确地鉴定交联产物。在合成肽的基准数据集上，MaxLynx在以上两种类型的交联剂上的数据和黑腹果蝇细胞断裂物的交联蛋白质组数据集上均优于所有其他测试软件。该工作流程还支持离子淌度增强的质谱数据。MaxLynx可在

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